生態凈化系統的設計和構建的核心是依據生態原理，形成多層次的水生生物系統，構建食物鏈，降解、固定或轉移污染物和營養物，并通過這個過程凈化水質。其模式圖如下： |
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技術原理：
通過生態修復技術種植和恢復水生植被特別是沉水植被，改善水質，使水體清澈；并通過修復后的沉水植被的光合作用把大量的溶解氧帶入底泥，使淤泥中的氧化還原電位升高，促進底棲生物包括水生昆蟲、蠕蟲、螺、貝的滋生，進而使水體生態系統恢復多樣性；最后有序地放入魚、蝦、蟹類等原有土著水生動物，平衡沉水植被的生產力，同時優化水體水生生物的多樣性，形成良性循環的水生生態自凈系統，全面恢復水生生態系統。于此同時，水體經過生態系統營養成份的循環后得到凈化，就稱為水體的“生態自凈”。
從物質的角度看，氮、磷等營養物進入水體后通過一系列復雜的過程，最終以水草的形式被收割或以水生動物（魚類等）被捕撈而移出水體。
構建生態系統的關鍵是構建完善的水生植物（生產者）、水生動物（消費者）和微生物系統（分解者），并使之形成良性的關系。 |
生態系統品種選育
水生系統物種的選擇一般應依照以下原則：
1、近自然原則：選擇物種以本地土著種為主。2、有效性：對于完善生態系統發揮顯著作用，并具有高效的水質凈化的作用。3、觀賞性：具有良好的景觀觀賞價值，兼顧暖水性和冷水性物種，保證四季見綠。4、多樣性和協調性，有助于構建穩定的生態系統。5、易維護性：所選水草應該不容易形成瘋長，特別對沉水植物，要求其植株比較矮，不容易長到水面上，避免造成水草雜亂的感覺。 |
| 挺水植物選擇 |
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| 挺水植物與共生的生物群落共同凈化水質，并可固著泥土，防止沖刷，削減雨水和地表徑流污染，形成豐富的生態景觀。品種有粉綠狐尾藻、再力花、千屈菜、梭魚草、荷花、水菖蒲等。 |
| 浮水植物選擇 |
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| 浮水植物兼具觀賞和凈水效果。品種有睡蓮、荇菜萍、篷草等。 |
| 沉水水植物選擇 |
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沉水植物凈化水質的功能非常強大。沉水植物根莖能吸附、分解、吸收水體營養負荷，其分泌物及其葉片使水體中的懸浮顆粒與膠體絮凝、沉淀，可快速提高透明度，沉水植物還是浮游植物強有力的競爭者，某些水生植物根系能分泌出化學信息素，能有效地遏制藻類的惡性增殖，避免水華發生。品種有苦草、輪葉黑藻、梅花藻、馬來眼子菜、伊樂藻、金魚藻等。
沉水植物要求其植株比較矮，生長緩慢易收割。我司選用的均是我是特別培育的矮化耐寒品種，例如苦草，其只能生長到30-40公分高，每年只需收割1-2次即可。 |
| 水生動物選擇 |
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| 濾食性魚類，如鰱、鳙魚等可以有效的去除水體中綠藻類物質使水體的透明度增加。底棲動物如蚌類、螺可以可以有效的去除水中懸浮的藻類及有機碎屑濾食，提高河水的透明度。同時分泌促絮凝物質，使湖水中懸浮物質絮凝，促使水體變清。 |
| 復合微生物群 |
| 微生物群是生態系統中的分解者，它是聯系生產者和消費者之間的紐帶。根據需要，可以投入分解有機物、去除氨氮、抑制藻類的光合細菌、硝化菌、芽胞桿菌等。 |